El colegio de propaganda Fide contaba con varias bibliotecas: la Librería Guadalupana, grande o común; la del noviciado y la de cada fraile. En total llegaron a reunir más de 30.000 volúmenes. Se exhiben más de 9000 libros que en su mayoría fueron adquiridos por los franciscanos en el periodo que siguió al enclaustramiento. Los temas que sobresalen son hagiografía, ascética, catequética, derecho canónico y otros temas religiosos. El mayor número de sus ejemplares se encuentra en latín, español y otras lenguas europeas.