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El poblado fue fundado por grupos indígenas de Cutzalan o Cotzalan (entre las ollas), ahora San Juan Cosalá, que pidieron a su cacique Xitomatl o Tzacuaco (hombre de grandes ojos saltados), salir a fundar otros pueblos como Axixic, Tzapotlán, hoy San Cristóbal, Xocotepec y Tomatlán.
Esta región, antes de la conquista, estuvo habitada por aborígenes idólatras, desnudos y errabundos. La conquista la hizo pacíficamente Alonso de Avalos en 1524, siendo los fundadores de Xolotepec los naturales, ya bautizados, Graciano Concepción Santiago Jacobo, Jorge Simeón, Luis Cupertino, Salvador Hesperito, Pedro Tadeo, Lorenzo Antonio, Lorenzo Sebastián, Bartolo Jacobo, Juan de los Reyes, Andrés Joseph, Pablo Roque y familias.
En el decreto del 27 de marzo de 1824, sobre el Plan de División Territorial, se dispuso que Jocotepec perteneciera al departamento de Chapala, se desconoce el decreto que lo erige como municipio aunque el del 17 de febrero de 1835 ya lo menciona como tal. En 1825 tenía ayuntamiento; y por decreto número 430, publicado el 13 de marzo de 1832, adquirió el título de villa.
En l846 Jocotepec es cabecera del Departamento de Chapala. Desde 1897, por decreto número 774, Jocotepec fue cabecera del 7º cantón hasta 1903 que regresó a Chapala. En ese mismo decreto, publicado el 20 de mayo de 1903, se dispuso que se erigiera un nuevo departamento en el 7º cantón, formado por los municipios de Jocotepec, Tuxcueca y Tizapán; teniendo por cabecera la primera población.
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