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En 2011, el Gobierno del Estado de Oaxaca, con apoyo de la Fundación Alfredo Harp Helu (FAHHO), a través de la asociación civil Apoyo a Desarrollo de Archivos y Bibliotecas de México, inició la organización y estabilización del Archivo Histórico del Archivo General del Poder Ejecutivo del Estado de Oaxaca.
En 2014 se inició la construcción de un edificio en el Parque las Canteras, diseñado exprofeso para resguardar en repositorios especiales los documentos históricos.
El 24 de febrero de 2017 se publicó el Decreto por el que se crea el Archivo General del Estado de Oaxaca como un órgano desconcentrado de la Secretaría de Adminsitración, con autonomía técnica, poerativa y de gestión para el debido cumplimiento de us objeto.
