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Se levanta al lado norte de la que fue Plaza de La Compañía, después Jardín Juárez, hoy Plaza de los Fundadores de San Luis Potosí. Fue construida por los jesuitas y se terminó hacia 1675.
Con la expulsión de los jesuitas en 1767, el gobierno cedió el templo a la Mitras de Michoacán. En 1854, cuando se erigió la diócesis fue designada Parroquia del Sagrario y de 1855 a 1866, mientras se efectuaban las transformaciones de la Catedral, fungía como tal.
Junto a la Parroquia se levanta la Capilla de Loreto que data de 1700. Esta capilla fue la mejor de todas las que en México tuvo la Compañía de Jesús.
