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La edificación original de este templo data del siglo XVI. Es una nave cortada por un crucero de un solo brazo, en el que se alberga la Capilla del Carmen; esta capilla es la que provocó el nuevo nombre, que le fue otorgado a principio del siglo XX; originalmente estuvo bajo la advocación de San Sebastián Mártir, a quien se dedicó el templo en 1578; posteriormente se le cambió por Misterio de la Ubilla, al ser elegida por la iglesia monjil por el cabildo eclesiástico, con aprobación de la “justicia y regimiento” de Ciudad Real.
Entre 1753 y 1766, cuando por iniciativa del obispo Moctezuma se emprendió una completa renovación y reedificación del convento, debieron también realizarse algunas obras en el templo, ya que la portada del brazo crucero lleva inscrita la fecha 1764. Se considera que en esa época se construyó la Capilla del Carmen.
La madrugada del 23 de marzo de 1993, un corto circuito ocurrido en la librería contigua al templo provocó un incendio que se extendió a la Iglesia y destruyó su interior, perdiéndose los artesonados, retablos, pinturas, esculturas y piezas de oro, plata y bronce, obras de arte de valor incalculable; destaca entre ellas una escultura anónima del siglo XVI representando a San Sebastián, considerada como el más perfecto desnudo anatómico de América Latina.
Del antiguo conjunto conventual de La Encarnación, lo único que queda actualmente es el templo de doble portada, la torre y la plazoleta del Carmen.
