Jardín principal de Villa Izcalli

Antes de la llegada de los españoles, el poblado indígena existente se llamaba Molone, Molonia, Almolonia. El municipio recibe su actual designación de dos fuentes distintas. El título de Villa lo hereda del pueblo de San Francisco de Almoloyan, fundado en 1553 y elevado a Villa de San Francisco de Almoloyan el 10 de Septiembre de 1824. Posteriormente, el 15 de Septiembre de 1860 su nombre cambia a Villa de Álvarez, en honor al gobernador del Estado de Colima, Manuel Álvarez, asesinado tres año antes.