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A partir de 1556 su nombre era "San Francisco de Almoloyán". En 1836 el distrito de Colima se dividió, para su administración en dos partidos, uno de los cuales fue el de Almoloyán, que se convirtió en la cabecera municipal. Por decreto el 15 de septiembre de 1860 se cambió el nombre original por el de "Villa de Álvarez", en honor del primer Gobernador Constitucional del Estado, que era originario de ese lugar.