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La Universidad Nacional del Sureste fue creada durante el gobierno de D. Felipe Carrillo Puerto y respondió al proyecto de José Vasconcelos de crear tres universidades nacionales: la del norte, con sede en Monterrey; la del poniente, en Guadalajara, y la del sureste en Mérida.
Durante el período del Ing. Joaquín Ancona Albertos como rector, nuestra Universidad experimentó un proceso de renovación y crecimiento. El edificio central fue modernizado con un tercer piso, laboratorios, auditorio, observatorio astronómico, sala del Consejo Universitario, biblioteca y gimnasio.
En el año de 1938 la Universidad Nacional del Sureste de México cambio su denominación por Universidad de Yucatán, a fin de reorientar las actividades universitarias poniendo mayor énfasis en los problemas sociales, económicos y políticos de la entidad.
En septiembre de 1984, siendo Rector de la Universidad el Ing. Alvaro J. Mimenza Cuevas, el Gobernador del Estado, Víctor Cervera Pacheco, promulgó una nueva ley orgánica que dotó de autonomía de derecho a la institución, adoptando el nombre de Universidad Autónoma de Yucatán.
