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Promueve y difunde las culturas prehispánicas y las expresiones artísticas de la región, el país y el extranjero. El inmueble que lo alberga fue diseñado por el arquitecto Vicente Cotera como parte de las instalaciones del Parque Público de El Chamizal. El concepto museográfico estuvo a cargo del maestro Roberto Cuétara, con la colaboración del poeta Carlos Pellicer, quien inauguró el museo en 1976.
El Chamizal pertenece al territorio que pasó a ser patrimonio mexicano gracias a un acuerdo internacional firmado en 1963 por los presidentes de México, Adolfo López Mateos, y de Estados Unidos, John F. Kennedy. La entrega física se llevó a cabo dos años más tarde, siendo presidentes Gustavo Díaz Ordaz y Lyndon B. Johnson.