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El Museo de Historia Natural se encuentra ubicado en la planta baja del edificio central de la Universidad de Guanajuato, en el espacio que ocupó por muchos años la imprenta universitaria. Este cambio se realizó con el fin de darle un espacio más amplio y digno a esta colección. Ahora cuenta con cuatro salas de exhibición, una sala de usos múltiples, tienda y oficina, área para resguardo de la colección, baños y un patio donde se llevan a cabo los talleres. Se encuentra en exhibición sólo una pequeña parte de la colección pues aún no se cuenta con la museografía adecuada.