Este recinto exhibe la vida conventual desarrollada por los Dieguinos en el siglo XVI, tanto en espacios al aire libre como en salas de recreación conventual: la Cocina, el Refectorio, la Antesacristía, el Huerto y el Portal de peregrinos. Asimismo, muestra cronológicamente la resistencia mexicana contra las íntervenciones extranjeras en sus once salas: Vestíbulo, Introducción intervenciones, Independencia, Primeras intervenciones, Introducción guerra México-Estados Unidos, Intervención Norteamericana (1846-1848), Intervención Francesa (1862-1867), Exvotos siglos XIX y XX, Porfiriato, Revolución, e Intervenciones Estados Unidos 1914 y 1916. Su colección está compuesta por banderas, armas, litografías, mobiliario y accesorios civiles y militares que en conjunto permiten recrear museográficamente los hechos históricos.