El templo de San Francisco Javier fue revestido con diez retablos dorados de acuerdo con los cánones artísticos de la época. En 1760 comenzó la construcción de la actual fachada, terminándose junto con la torre campanario en 1762. Finalmente, en 1964, durante el mandato presidencial de Adolfo López Mateos se inaugura el Museo Nacional del Virreinato que se caracteriza por mostrar al visitante dos espacios diferentes y complementarios: el museo de sitio y el museo histórico.