Los temas principales de la exposición que contiene el museo son la ubicación en el tiempo y en el espacio de la civilización olmeca, su subsistencia y abastecimiento de materia prima a larga distancia; la arquitectura de tierra -monumental y residencial- en la antigua ciudad olmeca de La Venta, al igual que el primer trazo planificado en el México antiguo; la historia de las investigaciones arqueológicas en el sitio desde finales del siglo XIX a hoy día.