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La UABC nació formalmente el 28 de febrero de 1957, gracias a la promulgación de su ley orgánica, como respuesta a la labor que venía desarrollando un grupo de profesionistas, empresarios, intelectuales y estudiantes en la entidad.
El 2 de agosto de ese mismo año, se constituyó el Comité Estatal Pro Universidad y en 1959 se nombró al primer rector de la institución. Un año más tarde, se crearon las escuelas de Pedagogía, Ciencias Marinas y la Preparatoria de Tijuana.
